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小米手机拦截的短信的密码保护功能可以通过以下几个步骤进行设置。
1、打开手机“设置”。
2、在设置中找到“应用锁”或“应用加密”选项（根据MIUI版本不同，可能会有所不同），然后输入设置的密码。
3、在应用锁列表中，找到“短信”应用并开启应用锁功能。
对于拦截的短信，还可以采取第三方应用的方式来实现加密保护，可以下载一个安全软件如腾讯手机管家等，利用其短信管理功能进行加密设置，具体操作方法会因软件而异，可以查阅相关软件的教程或在线帮助文档。
仅供参考，由于手机系统可能会不断更新，具体设置路径可能会发生变化，如遇操作问题，建议查看小米官方论坛或咨询小米客服获取更详细的指导。